Ditapaki pada tanggal 1 September 1960, Departemen Kimia di Universitas Gadjah Mada telah menjadi landasan kuat dalam membentuk lanskap akademis. Keberadaannya secara resmi diakui melalui Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 22/DIKTI/Kep/1995, yang kemudian diperkuat lagi dengan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 221/DIKTI/Kep/1996 pada tanggal 11 Juli 1996. Menyikapi kebutuhan yang terus berkembang akan tenaga ahli tingkat doktor, pada tahun 1981, UGM membuka Program Studi Kimia Pascasarjana di bawah naungan Jurusan MIPA Pascasarjana, Fakultas Pascasarjana. Program studi ini diresmikan melalui Surat Keputusan Dirjen Dikti Depdikbud Republik Indonesia No. 580/DIKTI/Kep/1993, tertanggal 29 September 1993.
Sejak tahun akademik 2007/2008, langkah signifikan dilakukan berdasarkan Surat Keputusan Rektor UGM Nomor 89/P/SK/HT/2006. Inisiatif ini membawa Program Studi Kimia Pascasarjana untuk Doktor berada di bawah naungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA). Alih-alih hanya menjadi sebuah program, Program Doktor Kimia di UGM merupakan pionir dalam memberikan pendidikan tingkat lanjut di bidangnya. Dengan sejarah yang kaya dan pandangan ke depan yang progresif, program ini menjadi pilihan utama bagi mereka yang menginginkan pendidikan tingkat doktor yang berfokus dan relevan.